La mayor
parte del territorio del Departamento está
dedicado a la explotación agrícola-ganadera.
Los principales rubros son Ganadería, Agricultura y Apicultura y en los últimos tiempos también han surgido nuevas actividades como la Acuicultura, Olivares, etc.
En la Ganadería predominan la cría de vacunos tanto para carne como para lácteos.
El otro subrubro destacable son los ovinos y la producción de lana fundamentalmente, aunque a acompañando la tendencia general su stock se ha visto dramáticamente reducido en las dos últimas décadas.
La Agricultura está volcada a la producción de granos, principalmente Soja, Trigo, Maíz, Sorgo, Girasol y Cebada.
La producción de praderas ha ido perdiendo terreno fundamentalmente frente al avance del cultivo de soja.
La agricultura extensiva de secano -básicamente cerealera y de oleaginosas-, ha pasado a tener una presencia generalizada dentro de lo agropecuario, aunque sigue presentando una fuerte localización en el Litoral Oeste, sobre todo en los departamentos de Soriano, Colonia y Río Negro, seguida por Flores, donde la proporción de superficie agrícola supera el 20%. Durazno, al igual que Flores en cuanto al especial crecimiento en la última década, presenta en su mayor parte registros por debajo del 20%.
| Año | Área sembrada (miles de ha) | Producción (miles ton) | Rendimiento (kg/ha) |
| 2003/04 | 247 | 377 | 1526 |
| 2004/05 | 278 | 478 | 1719 |
| 2005/06 | 309 | 631 | 2044 |
| 2006/07 | 366 | 779 | 2128 |
| 2007/08 | 461 | 772 | 1673 |
| 2008/09 | 577 | 1028 | 1780 |
| 2009/10 | 863 | 1816 | 2105 |
| 2010/11 | 862 | 1541 | 1788 |
| 2011/12 | 883 | 2112 | 2390 |
| 2012/13 | 1049 | 2764 | 2634 |
| 2013/14 | 1321 | 3162 | 2393 |
| 2014/15 | 1334 | 3109 | 2331 |
| 2015/16 | 1160 | 2208 | 1937 |
| 2016/17 | 1103 | s/d | s/d |
Fuente: mgap.gub.uy
En un departamento netamente rural, la producción industrial está muy ligada a esta otra actividad.
Una de las principales industrias es el Lavadero de Lanas: Lanas Trinidad con más de 70 empleados, un volumen importante de lana procesada por año.
Otro de los polos de servicios a la producción son las agrupaciones de productores en Cooperativas, en tal sentido destacan la Unión Rural de Flores y "La Casilla".
Así como Cooperativas específicas: Copalsur (apicultura), Calpu (lechería), Las Horneras (alimentos), Manos del Uruguay (Artesanía en lana) etc.
Según datos del VII Censo General de Población, la población económicamente activa (P.A.E.) pasó de 9.663 personas en 1985 a 10.909 en 1996, lo que representa un aumento de 12,9 por ciento.
En el área urbana se registró un aumento del 25,0 por ciento, mientras en el área rural se observa una disminución del 19,2 por ciento. Esto es reflejo de la disminución de la población en el campo. La tasa de actividad en definitiva creció del 50,8 por ciento a 57,3 por ciento entre los censos de 1985 y 1996.
En el incremento de la P.E.A. tiene un papel decisivo la participación de la mujer. En 1985 sólo el 30,6 por ciento de las mujeres de 14 o más años de edad formaba parte de la P.E.A., mientras que en 1996 ese porcentaje ascendió a 41,8 por ciento. Esto representa un crecimiento de 47,5 por ciento mientras que en el mismo periodo, la participación masculina descendió en un 0,7 por ciento.
La distribución de la P.E.A. por sectores de actividad presenta una disminución del 13,6 por ciento en el sector primario (ganadería, agricultura, silvicultura y minería) y un incremento en el sector terciario.
En las categorías de no dependencia se encuentra que los patrones y los trabajadores por cuenta propia han aumentado en un 44,8 por ciento y 25,7 por ciento respectivamente. Han perdido participación los asalariados, que pasaron de un 73,7 por ciento en 1985 a 69,4 por ciento en 1996.